Free! gira en torno a los miembros del equipo de natación de un chico de secundaria. Cuatro niños, Haruka, Makoto, Nagisa y Rin, participaron en un torneo de natación poco antes de graduarse de la escuela primaria y luego se separaron. Años más tarde, se reúnen cuando Rin desafía a Haruka a una carrera y gana. Nagisa decide que Haruka y Makoto vuelvan a nadar juntas y agrega un nuevo recluta llamado Rei para formar el Iwatobi High School Swimming Club.