Para 2039, el calentamiento global había provocado un aumento del nivel del mar y la pérdida de una gran cantidad de territorio. Como en respuesta, un misterioso grupo de buques de guerra vestidos de niebla, «la Flota de la Niebla», apareció en todos los rincones del océano y comenzó a atacar barcos humanos. A pesar de que la humanidad reunió todas sus fuerzas, fueron completamente derrotados por la abrumadora fuerza de la Niebla. Todas las rutas comerciales de la humanidad fueron bloqueadas por la Flota de la Niebla, su economía política fue destruida y la raza humana fue constantemente derrotada. Siete años después, el submarino I-401 de la Flota de la Niebla aparece ante el cadete Gunzo Chihaya. La forma de vida humanoide que pilota el submarino, que debería ser su enemigo, ofrece sus servicios a la humanidad.