La historia transcurre en una ciudad llamada Romdeau, construida para proteger a sus habitantes del ambiente devastador en el cual el planeta Tierra ha caído. Allí, los hombres (considerados «ciudadanos modelo») y AutoReivs, conviven en paz bajo un sistema completamente administrativo. Tal utopía se ve afectada por una serie de asesinatos cometidos por AutoReivs fuera de control infectados con el virus Cogito, lo cual pone en peligro el delicado equilibrio del orden social; mientras tanto, tras bastidores, el gobierno dirige experimentos ocultos de una forma humanoide llamada Proxy, la cual se cree que tiene la llave para la supervivencia de la especie humana.

Ergo Proxy