Rokujou Miharu es un estudiante de instituto que vive en su propio mundo. Sin embargo, dentro de el, estaba al acecho el ultimo poder de Nabari, la «Omnipotencia». Para poseer tal arma suprema, el clan Iga jura llevar a Miharu a su pueblo. Por otro lado, el profesor de ingles de Miharu, Kumohira sensei, y el compañero de clase, Kouichi, pertenecen a los Banten ninjas cuya mision es proteger a Miharu. Una guerra sobre la propiedad de la «Omnipotencia» ha comenzado. Para sobrevivir, Miharu debe entrar en el mundo oculto de Nabari, y convertirse en rey.