ID-0 cuenta la historia de Maya Mikuri, una estudiante de la Alliance Academy, donde los alumnos aprenden a pilotar unos robots que tienen como objetivo actuar en tierra hostil llamados I-Machines. Un incidente con piratas mientras Maya está controlando su I-Machine hace que la chica comience una aventura en la que se une como miembro de una tripulación de una compañía de excavación.