El episodio comienza con un repaso de lo sucedido anteriormente. El grupo está flotando en el océano cuando de pronto aparece un submarino del Equipo Magma enfrente de ellos. El submarino se dirige a la base flotante del Equipo Magma, donde se encuentra su líder Maxie/Magno y ordena apresar al grupo. Después, un agente misterioso sale del submarino quien resulta ser Shelly del Equipo Aqua que logrando derribar a dos guardias entra a una cámara en donde se encuentra con el antiguo Pokémon Kyogre.