School Nurse Files se centra en Ahn Eun-Young, una joven profesora de enfermería en una escuela. Ahn posee la extraña habilidad de ver espíritus, lo que le permite, también, ir tras ellos. Para luchar contra ellos y echarles de donde estén, utiliza un cuchillo de juguete y una pistola de aire comprimido. 

En la escuela en la que se encuentran dan comienzo situaciones paranormales y extraños sucesos, por lo que Eun Young está decidida a cumplir su misión y eliminar a los espíritus malignos. Para ello, pide ayuda al joven profesor Hong In Pyo.