En su camino a través de la frontera de batalla, Ash y amigos se encuentran con un guardabosques Pokémon que tiene la misión es deliever el huevo de Manaphy a un templo en el suelo del océano. Sin embargo, un pirata codicioso quiere el poder de Manaphy para sí mismo. Sha y amigos (esta vez acompañado por el recién llegado Dawn) llegan a una aldea idílica en su camino a su próximo concurso Pokemon, donde el caos pronto estallará con la profecía de dos dioses Pokemon (Dialga y Palkia) y la llegada de un misterioso y aparentemente mortal Pokemon llamado Darkrai, que tiene el poder de distorsionar el espacio y el tiempo.