Doce años después de que expusiera la Operación Blackbriar y desapareciera, Jason Bourne finalmente se recuperó de su amnesia y se ha aislado del mundo. Nicky Parsons piratea el servidor de la computadora central de la CIA para exponer sus programas de operaciones negras. En el proceso, Parsons encuentra documentación sobre el reclutamiento de Bourne en Treadstone y el papel de su padre en el programa. Esto alerta a Heather Lee, el jefe de la división de operaciones de seguridad cibernética de la agencia, y al director de la CIA Robert Dewey.

Pearsons viaja para buscar e informar a Jason pero cuando se encuentran, tienen que evadir a los equipos de la CIA enviados tras ellos. En Jason Bourne, con Matt Damon de regreso a la franquicia, los letales escuadrones de la CIA continua persiguiendo a Bourne mientras éste intenta descubrir verdades ocultas sobre su padre y su papel en lo que le sucedió.