Hedwig and the Angry Inch se sometió a una operación de cambio de sexo que le permitió casarse con un soldado americano y alcanzar la libertad al otro lado del Muro de Berlín. Sin embargo, la operación salió mal y Hedwig se quedó con esa “pulgada irritada” (“angry inch”) que da nombre a la película. En un parque de caravanas de Kansas, Hedwig decidió formar un grupo de rock. Así conoció a Tommy Gnosis, un joven que fue su amante y protegido antes de abandonarla, robarle sus canciones y triunfar como estrella del rock. Acompañada de su grupo paneslavo, “The Angry Inch”, siguió a Tommy en su gira, tocando en locales medio vacíos. Por medio de un collage de canciones, flashbacks e imágenes animadas, Hedwig cuenta la historia de su vida e intenta sacar partido de la prensa amarilla que se interesa por ella por haber sido amante del famoso cantante de rock Tommy Gnosis.