El cielo, el mar y la tierra tiemblan en la feroz batalla del siglo.

En una playa de Japón unos pescadores descubren un huevo gigantesco. El huevo es vendido a Yamamura, un corrupto hombre de negocios que pretende incubarlo para convertir a la criatura contenida en él en la principal atracción de un parque temático de próxima inauguración. Yamamura no toma en serio a las dos diminutas gemelas protectoras de Mothra, las Aelinas, que lideran una iniciativa popular para que el huevo sea devuelto a su madre, que sólo accederá a enfrentarse con Godzilla cuando ésta amenace la integridad de su criatura.