La historia se sitúa en el 2027, un año después del final de la cuarta guerra convencional. New Port City todavía se esta recuperando de las consecuencias de la guerra cuando cae presa de una mina autopropulsada. Debido a esto, un militar conocido por aceptar sobornos del mercado negro fue ejecutado. Batou, un hombre con un «ojo que nunca duerme», sospecha que Kusanagi es la principal sospechosa de dicho atentado. El detective Togusa, miembro de la Comisaría de Niihama investiga la ejecución y la muerte de una prostituta. Primera de las cuatro películas que forman Ghost in the Shell Arise, estrenada en Japón el 22 de junio de 2013.

Ghost in the Shell Arise – Border 1: Ghost Pain