Con la ayuda de Noah, los amigos de Yugi logran regresar al mundo real, pero, en el mundo virtual, Gozaburo Kaiba ha sido derrotado por Seto. Debido a esto, trata de tomar su cuerpo por la fuerza. Sin embargo, Seto es ayudado por Yugi y juntos logran regresar al mundo real, mientras que Noah le devuelve su cuerpo a Mokuba y regresa al mundo virtual para evitar que Gozaburo escape de este mundo, que, finalmente, es destruido. Seto decide que este incidente ha sido una pérdida de tiempo y pone su nave en marcha hacia el lugar donde se realizarán las finales del torneo de Ciudad Batallas.