Los habitantes de la isla Macross tratan de normalizar sus vidas a bordo de la inmensa nave. El drama humano diario sucede teniendo la guerra interplanetaria como fondo, las fuerzas Zentraedi siguen tras la SDF-1 y continúan con la guerra iniciada en la Tierra. El Capitán Gloval deberá tomar una decisión de vida o muerte que determinará el destino de casi 70.000 refugiados.