Gracias a Citron y Eureka, Satoshi y los otros han conseguido recuperar a Puni-chan, pero cuando el grupo se pregunta si se ha puesto fin al incidente que azota ciudad Luminalia, algo extraño ocurre con el legendario megalito que se encuentra en laboratorios Lyson. Cambia de forma y empieza a moverse hacia algun lugar. Satoshi y sus amigos ahora luchan la ultima batalla para salvar el mundo.