Ciudad Luminalia cae en ruina debido al ataque de misteriosas plantas que aparecieron de repente. Satoshi y los demas se dirigen a la Torre Prisma, para descubrir la verdad tras el incidente, pero se encuentran con un ataque sorpresa del Team Flare y Satoshi acaba siendo capturado. Y luego, Lysson, Jefe de Alan y Representante de Laboratorios Lysson, finalmente desencadena su ambición al mundo.