Después de ser alcanzado por un rayo, Pikachu sufre una dolencia que le impide usar sus movimientos de tipo Eléctrico, pero una extraña segunda tormenta le restablece por completo su salud. Atribuyendo esta circunstancia al Pokémon legendario Zekrom, el Profesor Oak y la Profesora Encina acuerdan que es necesario investigar más el asunto.