Comenzando a bordo del Forward Unto Dawn, en el que Cortana y Master Chief quedaron varados después de los eventos de Halo 3, Cortana comienza reflexionando sobre sus siete años de existencia y que ha aprendido mucho más sobre los Forerunners de lo que se sabía anteriormente. Luego, la historia cambia a un planeta Forerunner antes de la invasión del Diluvio, y luego conduce a la infección del planeta y su eventual bombardeo orbital.