Un terremoto sacude Nueva York y Johnny descubre que toda la manzana de la ciudad ha desaparecido en la superficie de la Tierra. Reed deduce rápidamente que esto fue obra del Hombre Topo. El propio villano hunde el Science Hall donde Sue estaba dando un discurso a un grupo de científicos destacados y le dice al resto del equipo que no interfiera con sus planes. Reed, Ben y Johnny descienden a la superficie de la Tierra hasta el escondite subterráneo del Hombre Topo, pero después de que él amenaza a Sue, el equipo regresa a la superficie para advertir a la guardia nacional que no ataque su base. De vuelta en el edificio Baxter, Reed desarrolla un rastreador para encontrar a Sue, y Johnny cava un túnel para que la bicicleta flotante de Ben y Reed viaje hacia abajo. Después de liberar a Sue, los Cuatro ahora reunidos tienen que luchar contra el Hombre Topo y sus fuerzas para liberar a todos sus rehenes y levantar los edificios desaparecidos.