Confundido por la transformación de Juna, Tokio comienza a alejarse de ella y pasa más tiempo con otra chica llamada Sayuri. Para hacer las cosas aún más surrealistas, ¡Juna ahora puede ver los pensamientos inquietos de Tokio tomar forma física! Mientras tanto, el cuerpo de Chris se marchita y enferma después de enfrentarse a los Raaja en todo el mundo. Cindy, su compañera, convoca a Juna al santuario subterráneo de SEED para rescatarlo. Cuando Juna llega a Chris, un poder misterioso los envuelve a todos …