Juna y Tokio regresan a la ciudad y se encuentran con su compañero de clase Saiyuri, mientras Teresa informa a su comandante de SEED de un virus que se está propagando por el oeste de Japón a partir de la agricultura transgénica. En un restaurante de comida rápida, Juna se entera de los peligros de su nuevo poder, pero todo esto se ve ensombrecido cuando Tokio contrae el virus. Juna es enviado a Tokio para salvar su vida del Raaja que acecha dentro de ambos.