Shiki Tohno sufrió una lesión que puso en peligro su vida cuando era niño y, debido a ese incidente, fue enviado lejos de la casa Tohno y entregado a un pariente para que lo criara. Años más tarde, cuando Shiki está en la escuela secundaria, el jefe de la familia Tohno, su padre, muere y su hermana Akiha, quien es la nueva cabeza de familia, le ordena que se mude. Sin embargo, Shiki tiene un gran secreto. Desde esa lesión, ha estado viendo líneas en los objetos, y solo con un par de anteojos especiales puede dejar de verlos. Además, es incapaz de recordar nada bien de la época anterior a su accidente. El día que regresa a la casa de los Tohno es el día en que se topa con una mujer llamada Arcueid Brunestud y la decapita con una puñalada de su cuchillo en un ataque temporal de locura. Cuando de repente apareció a su lado más tarde viva y bien,