El Diclonius, un homo sapien mutado que se dice que es seleccionado por Dios y eventualmente se convertirá en la destrucción de la humanidad, posee dos cuernos en la cabeza, y tiene un «sexto sentido» que le da habilidades telequinéticas. Debido a este poder peligroso, han sido capturados y aislados en laboratorios por el gobierno. Lucy, una joven y psicópata Diclonius, logra salir de sus confines y brutalmente asesinar a la mayoría de los guardias en el laboratorio, sólo para recibir un disparo en la cabeza como ella hace su escape. Ella sobrevive y se las arregla para derivar a lo largo de una playa, donde dos adolescentes llamados Kouta y Yuka la descubre. Habiendo perdido sus recuerdos, recibió el nombre de lo único que ahora puede decir, «Nyuu», y los dos le permiten quedarse en casa de Kouta. Sin embargo, parece que el mal «Lucy» no está muerto todavía …