La vida del oficinista Rokuro Okajima cambió por completo durante un viaje de negocios por el sudeste asiático cuando fue tomado como rehén por una banda de encantadores piratas modernos y, llevado por un desmesurado síndrome de Estocolmo, decidió unirse a la tripulación del Black Lagoon. Algún tiempo después, la mortífera asesina convertida en doncella Roberta regresa al paraíso criminal de Roanapur con un único objetivo: tomarse la justicia por su mano con los asesinos de su patrón, el Sr. Lovelace. En medio del caos que origina, los contrabandistas de la compañía Lagoon son contratados por Garcia, heredero de Lovelace, para tratar de salvar a Roberta de una muerte segura… o al menos detener la sangrienta masacre que está llevando a cabo.